Geodesic 发布全原子结构预测模型 NovaAtom-Lite：FoldBench 抗体–抗原成功率 79.07%，超过 IsoDDE 与 AlphaFold 3，今起通过 API 开放

核心背景与行业痛点

药物发现往往从一个分子结构开始：抗体卡在抗原的哪个位置、小分子能否嵌进口袋，直接决定后续湿实验做什么。AlphaFold 3 之后，Isomorphic Labs 的 IsoDDE、字节 Protenix 等不断刷新结构预测，但抗体–抗原界面仍是各模型差距最大的地方。UCLA 教授顾全全创办的 Geodesic Intelligence 11 月 10 日发布 NovaAtom-Lite，专攻这类界面。

架构亮点与底层机制

输入是复合物中蛋白、DNA、RNA 链的序列以及小分子配体（化学组分代码或 SMILES），输出每个重原子的坐标和 pLDDT、PAE、ipTM 置信度。它支持环肽、共价键，也可提示接触残基和结合口袋。官方未公布参数量和网络结构；顾全全称团队只用了几百张 GPU、几个月完成训练。

权威 Benchmark 与实测跑分对比

以下为官方口径：FoldBench 抗体–抗原成功率 79.07%，IsoDDE 为 75.58%，AlphaFold 3 为 47.90%；蛋白–配体 77.06% 居首。但 8 项任务中只领先 3 项，蛋白–DNA 74.24% 低于 AlphaFold 3 的 79.18%，蛋白–RNA 也落后 OpenDDE。各家评测样本数不同，官方也提醒一两个点的差距可视为持平。

开发者实战落地与开箱指南

模型今起通过 Geodesic API（platform.geodesiclab.com）和 NovaDDE 平台使用，未开放权重。官方建议用 pLDDT 判断哪些区域可信、哪些需先核对再进湿实验；增加种子数能继续提高准确率，但算力成本随之上升。更大的 NovaAtom-Pro 预计未来几个月推出。